Sim, mas o Golden Freeza tem um detalhe... além de ser uma transformação temporária no jogo, ele ainda fica vulnerável depois que termina o tempo: https://youtu.be/qXPBjl_cU-0?t=4m19s Em jogos da ASW esses tipos de Supers são chamados de "Installs" e fortalecem o personagem, mas geralmente com um tipo de penalidade após ou durante o uso. Portanto esse Super do Freeza apesar de ser uma transformação, não funciona como um "power-up" que é comumente visto nos jogos da série. Quando à razão do Goku e Vegeta não estarem em formas superiores, bem, tudo vai depender de qual "série/saga" eles são. Goku e Vegeta usam as mesmas roupas durante Dragon Ball Super, mas suas transformações no jogo implicam que eles sejam da saga Buu e Android/Cell respectivamente. Goku vai até SSJ3 e o Vegeta está em SSJ Second Grade (ou Super Vegeta), que foi a forma mais icônica do personagem durante a saga. Mas aí é que entra um fato curioso... Durante Dragon Ball Super a forma SSJ "básica" do Goku é mais forte do que SSJ2 e SSJ3, pois ele conseguiu internalizar o poder do Super Saiyan God e conseguiu extrair todo potencial de um SSJ. Logo, não faz sentido pro Goku da Super se transformar em SSJ3 para fazer o seu Level 3 Super. Pode ser que tenham incluído essa forma por ser bem conhecida e popular, não seguindo a lógica dos Power Levels da série. Então só depende dos criadores se o Goku/Vegeta do jogo são da série Z ou Super. Mas com a revelação recente do Mirai Trunks com suas roupas da série Z, creio que eles estejam optando pelas versões mais icônicas e populares. Ou pode ser que incluam o Super Saiyan Blue de qualquer jeito e forma sem levar em conta o que falei sobre os Power Levels, já que o Golden Frieza também está no jogo. Só o tempo dirá...